Depuis le Statu Quo ottoman de 1862, réglant la vie religieuse du St Sépulcre et de Bethléem, la propriété et l’administration du complexe cultuel sont partagées entre catholiques latins (ordre franciscain), grecs orthodoxes et arméniens orthodoxes.

Les grecs possèdent l’église, sauf le transept nord qui revient aux arméniens. La Grotte, relevant des Franciscains, est divisée entre le secteur de l’autel de la Nativité (propriété des grecs) et celui de l’autel de la Crèche, situé dans la Grotte des rois Mages (propriété des latins). L’église bâtie au flanc de la basilique par les Franciscains, dédiée à sainte Catherine, sert au culte catholique. Les deux accès à la Grotte se trouvent de part et d’autre du sanctuaire grec de la Basilique de la Nativité. Il s’agit d’un espace rectangulaire de 12 m sur 3. Les portes de bronze et marbre datent des Croisades. Sous l’autel de la Nativité, dominé par l’abside, se trouve une dalle de marbre ornée d’une grande étoile d’argent avec l’inscription: « Hic de Virgine Maria Iesus Christus natus est » (ici naquit Jésus de la Vierge Marie). A droite du maître autel se trouve la Grotte des Mages, réservée au culte catholique.