Après une période à la secrétairerie d’Etat et au Conseil pour les Affaires publiques de l’Eglise, il a été nommé auprès du Conseil de l’Europe à Strasbourg comme envoyé spécial avec fonction d’observateur permanent.

Mgr Fortunato Baldelli a été délégué apostolique en Angola (1983-1985), pro-nonce apostolique à São Tomé et Principe (1985-1991). Il a été nonce apostolique en République dominicaine (1991-1994), au Pérou (1994-1999) puis en France (1999-2009).

Il était membre de la congrégation pour la cause des Saints.

Une messe à son intention sera célébrée dimanche 30 septembre 2012 en la cathédrale Notre-Dame de Paris présidée par le Cardinal André Vingt-Trois, archevêque de Paris, et en présence de Mgr Luigi Ventura, nonce apostolique en France.