Les pourparlers entamés en 1992 ont permis la mise en place d’une « Commission bilatérale permanente de travail » puis ont abouti à l’accord bilatéral, dit « de Jérusalem », qui a été signé en décembre 1993 (peu après les accords d’Oslo) et est entré en vigueur le 10 mars 1994.

L’Accord fondamental établit que l’Etat d’Israël reconnaît la liberté de religion et de conscience (art. 1, § 1) et la liberté de l’Eglise de remplir sa mission, ceci dans le respect des lois. Il prévoit la reconnaissance de droits et d’obligations réciproques entre le Saint-Siège et l’Etat d’Israël avec :

La mise en place de relations diplomatiques, au niveau de la Nonciature apostolique du Saint-Siège et de l’Ambassade de l’État d’Israël.

La poursuite du mandat de la Commission bilatérale permanente de travail entre le Saint-Siège et l’État d’Israël pour poursuivre les négociations, dans le détail, des accords sur toutes les questions entre l’Église et l’État.

Sur le premier volet, l’Accord a en effet abouti à la reconnaissance diplomatique de l’Etat d’Israël par le Saint-Siège en juin 1994, suivie des nominations et accréditations du premier Nonce apostolique auprès de l’Etat d’Israël et du premier ambassadeur d’Israël auprès du Saint-Siège.

Sur le second volet, les travaux de la Commission ont abouti à un nouveau traité, signé le 10 Novembre 1997, garantissant la pleine reconnaissance de la personnalité juridique de l’Eglise et des organismes ecclésiastiques.

Cependant, ces traités n’ont pas encore été adoptés par le Parlement israélien : ils ont donc une portée pratique limitée.

Par ailleurs, depuis 1999, des questions financières et fiscales restent en discussion. Elles portent sur la reconnaissance des propriétés du Saint Siège dans l’Etat d’Israël, sur les exonérations fiscales pour les revenus des communautés chrétiennes (revenus provenant pour l’essentiel de quêtes au profit de l’accueil des pèlerins, de l’entretien des Lieux Saints et de la solidarité) et sur le statut juridique de l’Eglise catholique.

Les négociations concernent également l’obtention ou le renouvellement des visas de longue durée pour les prêtres et religieux non israéliens (en vue de la poursuite d’études ou pour exercer un ministère en Terre sainte).

Depuis 1999, les négociations – qui ont vu se succéder huit gouvernements successifs – ont avancé de manière irrégulière. La perspective du voyage de mai 2009 a permis d’accélérer les négociations, mais pas encore de conclure : la Commission permanente Israël Saint-Siège s’est réunie jeudi 30 avril au siège du Ministère israélien des affaires étrangères. Selon le communiqué diffusé par la Salle de presse du Saint-Siège, il s’agissait d’avancer sur la négociation de l’article 10,2 de l’Accord fondamental du 30 décembre 1993 : « Cette réunion plénière a permis d’avancer de manière significative à la veille de la visite papale. La réunion plénière suivante a été convoquée à Rome pour le 10 décembre et, entre-temps, la Commission accélérera les conversations en vue de conclure l’accord bilatéral au plus tôt ».